はい、原則としてTwooCaでふるさと納税の決済をご利用いただけます。
「ふるさと納税」は本来、寄附ではなく自治体等への納税・控除手続き等（MCC 8399等）に分類されるため、寄附関連加盟店（MCC 8398）の利用制限の対象外となります。
ただし、ご利用のポータルサイトや決済事業者側の加盟店登録状況によっては、一時的に決済エラーとなる場合がございます。順次、該当加盟店への確認および設定調整を進めておりますが、エラーとなった場合は恐れ入りますが他の決済手段（クレジットカードや銀行振込等）をご利用いただくか、「TwooCaご利用者様お問い合わせフォーム」よりご連絡ください。
https://kortvaluta.com/inquiry_support/